Η πρώτη ιστορική αναφορά της λίμνης γίνεται τον 2ο αιώνα π.Χ. από τον Έλληνα ιστορικό Αρριανό, ο οποίος αναφέρει πως ο Φίλιππος της Μακεδονίας και ο Μέγας Αλέξανδρος είχαν ναυπηγεία εντός της λίμνης, τα οποία δια μέσω του Στρυμόνα έβγαιναν στο νευραλγικής σημασίας λιμάνι της Αμφίπολης. Στη λίμνη αυτή ήταν αγκυροβολημένος ο στόλος του Μεγάλου Αλεξάνδρου και από εδώ είχε πλεύσει στις εκβολές του Στρυμόνα. Από αρχαιολογικά ευρήματα και επιγραφές μαρτυρείται η ύπαρξη ναυσιπλοΐας στη λίμνη, καθώς και η παρουσία διαφόρων όρμων και οικισμών στην ανατολική της όχθη.
Το προσωνύμιο Κερκινίτδα οφείλεται πιθανόν στην μεγαλόπρεπη ουρά-απόληξη που σχημάτιζε η λίμνη έξω από το Μύρκινο (=κέρκος). Η λίμνη ήταν αβαθής, με ποικίλη βλάστηση. Τα έλη που είχαν δημιουργηθεί έγιναν εστίες κουνουπιών και ο ελώδης πυρετός, που αποτελούσε μάστιγα της εποχής, δημιούργησε μεγάλο πρόβλημα στους κατοίκους των γύρω περιοχών.
Η έλευση προσφύγων στην περιοχή ενέτεινε τα προβλήματα αναφορικά με
την κατοχή γης και αποφασίστηκε η αποξήρανση της λίμνης. Τη διαδικασία ανέλαβε η αμερικανική εταιρεία John Monks-Ulen & Co. («Ούλεν») το 1931 και το έργο ολοκληρώθηκε το 1936. Αποτέλεσμα ήταν η δημιουργία του κάμπου που μέχρι και σήμερα αποτελεί βασικό πυλώνα της αγροτικής οικονομίας της περιοχής.